Победив Боузера и защитив Бруклин, Марио снова оказывается в центре опасных событий. На этот раз ему противостоит неожиданный и грозный союз: банда Варио объединила силы с Боузером-младшим. Их цель проста и ужасна — подчинить себе весь мир.
Марио не собирается сдаваться. Рядом с ним верные друзья, всегда готовые помочь, и неунывающий динозаврик Йоши. Вместе им предстоит отправиться в новое рискованное путешествие, чтобы сорвать коварные замыслы врагов и не дать им установить свою власть повсюду.